Konflikt między ludźmi a X-Menami trwa. Sprawę zaognia jeszcze atak nieznanego mutanta na prezydenta Stanów Zjednoczonych. Tym razem do akcji wchodzi przywódca ruchu na rzecz ograniczenia praw mutantów, były komandor armii amerykańskiej Williams Stryker. Atakuje on szkołę Charlesa Xaviera dla wybitnie uzdolnionych dzieci. W tym samym czasie z plastykowego więzienia udaje się zbiec Magneto. W zaistniałej sytuacji już nie jako wróg, ten potężny mutant staje u boku podopiecznych Xaviera. Razem muszą przekonać ludzi o swoich pokojowych intencjach.
